问个关于分区克隆问题

↑错床

一台电脑原本一个机械硬盘  MBR格式分区安装的WIN7系统，系统分区50G 由于系统分区安装有特殊软件 所以不能重新安装系统
加装了一个固态  系统分区分了100G 为了防止系统各种情况吧会从机械硬盘启动，我把机械硬盘系统分区设置为了逻辑分区 后我用DG分区克隆原机械盘系统分区到固态系统分区  选择第三种按文件复制 也只能选择这一种
克隆完毕后重启电脑  结果的确是从固态引导进的系统，但是固态系统分区的盘符是G  而机械硬盘的系统分区盘符是C  
导致桌面啊  我的文档啥的是引用的机械硬盘的系统分区的程序  怎么确定的？我把机械盘系统分区盘符一改  桌面的文件刷的一下全没了
现在问就是第三种不能用来克隆系统分区吗？